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錢永健因父親胰臟癌病逝，促使他致力於鑽研對付癌細胞的方法。他的堂叔是「中國飛彈之父」錢學森。錢永健曾在1994年與神經生物學家哥哥錢永佑一起被提名為中央研究院院士候選人，但雙雙失利。兩人在1996年捲土重來，同時獲選第21屆院士。

錢永健是綠色螢光蛋白的先驅研究者，開拓了分子生物學的研究領域。他將綠色螢光蛋白應用於研究細胞信號通路，與美國的Martin Chalfie、日本的下村脩共同榮獲2008年諾貝爾化學獎，之後積極致力於癌細胞的研究。

2008年他獲得諾貝爾化學獎後，曾應邀來台在中央研究院演講，以棒球比喻學術這一行，勸勉年輕科學家「你要接受打擊率很低的事實，但千萬不要讓得獎光環阻礙腳步」。當時那場演講在中研院學術活動中心舉行，整整一個半小時全場笑聲不斷。講廳被聽眾塞爆，再開一個講廳同步轉播，連走道也擠滿聽眾，讓當時的中研院院長翁啟惠也嚇了一跳。

在錢永健眼中，螢光蛋白是一種好玩的工具，透過改變螢光水母氨基酸，改變細胞的顏色，進而了解細胞訊息的傳遞。學界最早研究綠色螢光蛋白，錢永健已經發展出各種顏色，比喻像是小朋友玩的蠟筆，有香蕉黃、橘子橙。

錢永健讓細胞開始分裂時發綠光，停止分裂時發紅光，就像紅綠燈一樣，由於癌細胞會不斷分裂增生，所以有的發紅光、有的發綠光，混在一起看上去就是黃色，希望未來可以透過觀察螢光顏色的分布準確找到癌細胞的位置。

錢永健曾說，螢光蛋白是高中生物課很好的教具，利用五彩繽紛的顏色可以吸引高中生喜歡科學。